成魚が稚魚を食べる恐れがあるため、孵化したらすぐ別容器に移しましょう。もしくは予め別の容器で孵化をさせましょう。容器に飼育水や砂利を入れ、ろ過バクテリアも一緒に移動させて下さい。ページ下部の『メダカの稚魚飼育で知っておきたい注意点』の『水換えに注意！』の項目でも詳しくご説明していますので、ぜひ参考にしてください。
メダカは水流に逆らうよう泳ぐ性質がありますので、エアレーションをつけると遊泳力が弱い稚魚は衰弱する恐れがあります。酸欠が気になるようであれば、水草をいれるといいでしょう。

メダカは日光にあたると、免疫力を高めるビタミンAと骨の形成に役立つビタミンDの吸収が促され、生存率がアップします。日光の当たる場所に容器を置き、水温は26～28℃をキープしましょう。
メダカは変温動物ですので、生まれた時から水温が高い方が（26℃～30℃）順調に成長できます。まだ赤ちゃんだからと日陰に置いたり、ヒーターの温度を下げるのは控えて下さい。

メダカの稚魚は最初の3日ほどは、お腹の袋（ヨークサック）の中の栄養だけで生きていけるのでエサをあげる必要はありません。
ヨークサックが無くなる３日目あたりからエサを与えましょう。といっても、まだ親メダカのように上手に食べられませんので、エサはできるだけ粒の細かいパウダー状のものがおすすめです。
詳しくは次の『メダカの稚魚に適切なエサは何？エサやりのコツ』をお読み下さい！

エサは成魚用のもので大丈夫ですが、小さい稚魚はサイズが大きいと食べられません。すりつぶして細かなパウダー状にして与えましょう。すりつぶすのが面倒であれば稚魚用のエサが便利です。
ちなみに稚魚はもぐることができず常に水面に浮いている状態ですので、稚魚用のエサは簡単には水を吸って沈んでしまわないようになっています。ゆっくりと時間をかけて、少しずつ稚魚達は餌を食べていますので、食べていないからとすぐには片づけないようにしましょう。粉状の稚魚用のエサはほとんど沈まず、そのまま水を含み膨張します。そうなると、もうそのエサは食べないので片づけましょう。

稚魚が1回に食べられる量は少なく、沈んだエサも食べられないので、食べきれる量を4回程に分けてこまめに与えるのが望ましいです。

特殊な例として、アルビノメダカ（目の赤いメダカ）は弱視の為、稚魚の内は水面のエサを食べる事がほとんどできません。そのため活きエサを活用しないと、餓死したり、大きくなれない事があります。またメラニン色素の欠乏の為、紫外線に当たると日焼けをして体が溶けてしまいます。孵化後から1cm程のサイズになるまでは、太陽や強い照明器具（LEDライト）が当たらないように注意しましょう。

稚魚のときの水換えは事故やストレスを引き起こしやすく、注意が必要です。
まず容器に飼育水や砂利を入れ、ろ過バクテリアも一緒に移動させましょう。移動する新しい水の飼育水も元の飼育水と同じ温度で必ず水合わせも行うようにしましょう。
稚魚は体がまだ未熟なため、網で掬う時などは慎重に掬いましょう。レンゲやお玉、ボウル等を使って水と一緒に移動してあげても良いです。少しでも無理をしてしまうと体が曲がってしまったりします。

稚魚が十分育たないまま親メダカの水槽に戻すと、食べられてしまうことがあります。稚魚は最低でも1cm以上になり、頭がよく育って逆三角形になっているかを確認してから戻しましょう。
この頃になりますと稚魚の大きさにもバラツキが出てきます。早く大きくなった稚魚は小さい稚魚を食べたり、咥えてしまったりします。大きさに差が出てきたら、こまめに確認して水槽に戻しましょう。
同じくらいのサイズ事の稚魚ではそういったことはおこりませんし、大きな稚魚を移すことにより残った稚魚達もすくすくと育っていきます。

生後2ヶ月ほど経つと、稚魚でも卵を食べることがあります。
もし稚魚の水槽に卵が共存する場合は、卵を別容器に移しましょう。

お水の量が少なすぎると、エサやメダカの排泄物によって水質が悪化しやすくなり、稚魚がうまく育ちません。
目安として2リットルあたり、生まれたばかりなら20匹位まで、1cmまでの稚魚なら10匹程度飼うことができます。

屋外飼育の場合は季節により稚魚の成長のスピードが変わります。これは水温の違いにより起こります。春生まれの稚魚達は、朝晩水温が下がる為、成長スピードはゆっくりです。成魚になるまで3か月程かかります。夏生まれの子たちは水温が高いので成長スピードが速く、2か月程で成魚まで成長します。夏は稚魚育成に最も適した季節です。

注意点としましては、親メダカよりも稚魚水槽は過密になる為、酸欠等も起しやすかったりします。成長と共に1匹1匹の酸素の量が増えていくため、あまり過密になっている時は稚魚を半分ずつ位に分けて飼育すると良いでしょう。

最近の8月の気温は想像以上に高温です。日中は水温を確認し日除けや足し水で水温調整をして下さい。また夏場は稚魚達の天敵となる捕食者も飼育水槽に紛れてきたりします。ボウフラやヤゴ等はメダカの稚魚を捕食しますので、定期的な水換えや発見次第対処する等気を付けましょう。

稚魚をうまく育てる道のりは、実は卵の管理から始まっています。
しっかりと太陽光や、室内の観賞魚用照明器具（LEDライト）の光を浴びて生まれた有精卵の色は、黄色い色をしています。黄色の色は親メダカがしっかりとビタミンBを体内に保有し、産卵していることを表しています。
卵の色は親メダカが、体に光をしっかり浴びているかいないかで変わります。

メダカも私たちと同じようにビタミンBが不足すると風邪をひきやすく、抵抗力が弱くなってしまいます。事実、光量の弱いライトでの室内飼育、日陰で産卵したメダカの卵の有精卵は無色透明である事が確認されています。ビタミンがたっぷり含まれている卵から生まれてくる稚魚と、あまりビタミンが含まれていない稚魚では、当然その後の成長にも大きく違いが出てきます。

また『積算温度』といって、卵が孵化するまでのおおまかな日数を計算するための温度指標があります。

メダカは積算温度が250℃と言われており、例えば水温が25℃の場合は約10日、水温が20℃であれば12～13日で孵化が始まります。

特に日陰に避難させたりしてしまいますと、積算温度まで日数がかかり過ぎて、孵化できずに有精卵がダメになってしまう事があります。親メダカと同じ環境であれば稚魚も適応できるので、過保護には気を付けましょう。

まずは親メダカの環境をしっかり整え、良い卵からスタートできるようにしましょう。